Los defensores de la teoría del Diseño Inteligente (DI) sostienen que en la naturaleza existen estructuras complejas que son irreductibles a la suma de sus elementos, como el ojo, y que no pueden ser el resultado de la evolución, por lo que habrían sido pensadas por un Diseñador universal e inteligente. En el extremo opuesto se encontrarían los que afirman que todo lo que existe en el universo, incluido el ser humano, es material y fruto del azar. Aparentemente estos dos grupos representan posturas antitéticas e irreconciliables, pues los primeros parecen brindar un soporte científico a la teología y los segundos parecen proporcionar un fundamento científico al ateísmo.
Sin embargo, Ayala (biólogo, profesor de la Universidad de California en Irvine, Medalla Nacional de las Ciencias en EE.UU., entre otros muchos cargos y honores) sostiene que unos y otros están mucho más próximos de lo que se imaginan, unidos por sus errores. La argumentación de esta tesis está ampliamente desarrollada en el libro, en el que analiza estas dos posturas.
El autor deja bien claro desde las primeras líneas cuál es la tesis central que va a defender: “que no hay contradicción necesaria entre la ciencia y las creencias religiosas”. La razón de ello es que ambas “tratan de asuntos diferentes que no se superponen”. Según Ayala, se puede ser perfectamente partidario de la teoría científica de la evolución de las especies y creer en la existencia de un Dios creador, personal y providente. Dicho de otro modo: el concepto científico de evolución no niega la noción metafísica y teológica de creación a partir de la nada, ni a la inversa.
Según Ayala, son las tesis de los partidarios del creacionismo científico, incluida su versión más reciente (la teoría del DI), los que defienden tesis incompatibles con una teología rectamente entendida y con un Dios omnisciente, omnipotente y perfectamente benevolente. Por otra parte, los partidarios de utilizar la teoría de la evolución como una prueba a favor del materialismo radical hacen decir a la ciencia cosas que están más allá de sus límites.
Para fundamentar sus tesis, Ayala analiza, entre otros temas, el creacionismo científico, la teoría del DI, los fundamentos científicos de la teoría de la evolución, algunas nociones básicas de teología natural y revelada, la inconsistencia del cientificismo naturalista (que pasa de un modo totalmente acrítico e injustificado del naturalismo metodológico, que es consustancial a la ciencia, al naturalismo ontológico, que es acientífico y, en rigor, resulta ser más bien propio de ideologías filosóficas). Todo ello, en un lenguaje asequible a la gran mayoría de lectores, así como con la prosa siempre elegante que caracteriza los escritos de este investigador.