El asedio está ambientada en la ciudad de Cádiz en los convulsos meses anteriores a la proclamación de la Constitución de 1812, cuando la ciudad estaba sitiada por las tropas francesas. Pérez-Reverte ha querido escribir en ella varias novelas: una novela policíaca, una de aventuras marítimas, una novela de espionaje y también un folletín romántico. Además, incorpora una trama científica, que tiene mucho que ver con el ambiente de la época. Todas estas novelas entrecruzan sus personajes y argumentos en la ciudad de Cádiz, perfectamente retratada por el autor.
La novela policiaca, quizás la trama que engancha más al lector, cuenta una serie de asesinatos de mujeres muy jóvenes que aparecen brutalmente golpeadas en lugares dispersos de Cádiz. Se encarga de la investigación del caso el comisario Rogelio Tizón, hombre sin escrúpulos, ético y corrupto a su manera (típico personaje de las novelas de Pérez-Reverte). El autor rodea esta trama de un misterio cuasi conceptual y científico, y así levanta muchas expectativas que, sin embargo, no se cumplen cuando llega el momento de encontrar una verosímil resolución.
Esta trama enlaza con la novela de espionaje, que tiene como protagonista a un gaditano culto y sibarita, taxidermista, partidario de la ilustración francesa y enemigo de lo que considera mal endémico de España, el fanatismo religioso; Gregorio Fumagal ve las tropas napoleónicas, con las que colabora desde el interior de Cádiz, como los salvadores para que España se libere de sus seculares demonios.
Este espía envía sus notificaciones a Simón Desfosseux, capitán francés de artillería, encargado de lanzar las bombas que caen de manera intermitente en Cádiz y hombre obsesionado con la ciencia. Pérez-Reverte da todo tipo de información sobre los proyectiles de la época y los problemas técnicos que tiene el capitán para hacer que sus bombas impacten en la ciudad.
Además, está la historia del capitán corsario Pepe Lobo, que trabaja para la empresaria Lolita Palma, una de las mayores fortunas de Cádiz, mujer soltera y adelantada a su tiempo. Lobo, hombre de una pieza, autosuficiente, trabajador, leal, hecho a sí mismo, siente una creciente atracción por Lolita Palma, una mujer distinta, culta, segura de sí misma, distante en su relación con los hombres, férrea en los negocios. Esta historia le sirve al autor para que aparezca otro importante grupo de personajes: militares de alto rango, escritores, empresarios, diputados que participan de los turbulentos debates para dar forma a una nueva Constitución.
En El asedio están las mejores cualidades de la prosa del autor, como su capacidad para construir argumentos, el importante peso de la historia de España, el ritmo trepidante de algunos pasajes, un estilo que se adapta a las peculiaridades de los personajes… Como en sus artículos periodísticos, en la novela todo está traspasado de su visión escéptica y desencantada de la vida. Se nota en los rasgos de Lolita Palma, Pepe Lobo, Rogelio Tizón… Personajes un tanto oscuros, descreídos a su manera, marcados por un destino fatal, rodeados de una aureola de misterio que los hace interesantes y distintos.
Al lado de ellos, que son los que representan los ideales de Pérez-Reverte, aparecen también sus habituales fijaciones: la ignorancia y la crueldad hispánicas, el desdén por la razón y la ciencia y el fanatismo religioso (aunque para Pérez-Reverte la religión es ya casi sinónimo de fanatismo). Ningún personaje vive la religiosidad de una manera cordial, humana, sencilla, nada enfermiza.
Arturo Pérez-Reverte maneja todos los ingredientes de esta voluminosa novela con soltura, con buen ritmo, con mucho oficio. Cádiz es la gran protagonista de la novela, una ciudad que vive un inesperado y trascendental momento histórico para el que la sociedad española en su conjunto, opina el autor, no estaba preparada. De ahí el fracaso de todos los personajes y de los ideales de la nueva Constitución. El autor ha intentado describir un mundo que se acaba y otro que no llega a nacer.