El acuerdo de paz firmado el 2 de septiembre entre el gobierno filipino y el Frente Moro de Liberación Nacional (FMLN) intenta poner fin a la insurrección musulmana de Mindanao, que a lo largo de 24 años ha causado más de 120.000 muertos. El acuerdo coloca al FMLN en posición dominante en la isla, donde los musulmanes son una minoría de 5 millones dentro de una población total de 20 millones. Esto ha provocado inquietud y protestas entre las comunidades cristianas.
El tratado prevé que el FMLN dirigirá un Consejo para la Paz y el Desarrollo que coordinará los proyectos de desarrollo en las catorce provincias de Mindanao y en nueve grandes ciudades hasta 1998. Este consejo se encargará de preparar ese año un referéndum en el que la población decidirá qué provincias formarán parte de una región autónoma musulmana. Las provincias que voten a favor tendrán un régimen fiscal independiente e introducirán la enseñanza islámica en el sistema educativo.
Mientras mejora la situación, el jefe del FMLN, Nur Misuari, y el presidente filipino, Fidel Ramos, han pedido paciencia a la población de la isla de Mindanao, la segunda mayor del archipiélago filipino. Como el dinero es crucial para que la paz progrese, Ramos ha sugerido que Estados Unidos y el Banco Mundial establezcan un plan de ayuda a la economía filipina como hicieron tras la caída del dictador Ferdinand Marcos.
No es la primera vez que el gobierno y los rebeldes musulmanes firman la paz: ya lo hicieron en Trípoli, en 1976, bajo el auspicio de la Organización de la Conferencia Islámica, sin que esto terminara con la guerra. Y es que las raíces del conflicto no desaparecen fácilmente. En la isla de Mindanao sigue operando un ejército de 40.000 hombres, el Frente de Liberación Islámico Moro, más radical que el FMLN, que ha dicho que seguirá luchando hasta conseguir la creación de un Estado islámico independiente. También ha habido protestas contra el acuerdo entre la población cristiana de la isla.
Las condiciones del tratado no satisfacen por completo a la Conferencia Episcopal y tampoco a algunas organizaciones protestantes. Pues al confiar al FMLN, confesionalmente musulmán, el control político del nuevo Consejo en Mindanao, se rompe el principio de la neutralidad religiosa del Estado.
Nur Misuari ha aceptado presentarse a candidato como gobernador de una región autónoma de Mindanao, creada en 1991 por el Parlamento para satisfacer las reivindicaciones musulmanas. Así, reconoce de facto su existencia y quiere demostrar que el FMLN ha tomado el camino de la paz.