En virtud de las desamortizaciones decretadas en el siglo XIX, en España la Iglesia fue desposeída de gran parte de su patrimonio inmobiliario. No se estipuló ninguna compensación hasta la Constitución de 1837, que en este aspecto se aplicó instaurando una “contribución del culto y clero”. Este régimen se mantuvo hasta la II República (1931-1939), que prohibió la financiación estatal de las confesiones religiosas. En consecuencia, despareció la dotación para el culto y se redujo la destinada al clero, si bien la penuria así provocada se atenuó con una ley de 1934 que preveía ayudas para los sacerdotes con ingresos más bajos.
Tras la Guerra Civil (1936-1939), el régimen de Franco restableció el presupuesto de culto y clero. El Concordato firmado con la Santa Sede en 1953 contemplaba este sistema y estipulaba que, con el acuerdo mutuo del Estado y la Iglesia, se crearía un patrimonio eclesiástico para asegurar el sostenimiento del culto y del clero, y que mientras tanto, el Estado daría de sus presupuestos a la Iglesia una dotación anual.
Esa meta de autofinanciación nunca se alcanzó, y por otra parte los cambios económicos y sociales no permitían esperar que la Iglesia pudiese sostenerse, como en siglos pasados, con las rentas de tierras y edificios. El régimen democrático fundado mediante la Constitución de 1978 firmó al año siguiente con la Santa Sede unos Acuerdos que preveían sustituir la dotación presupuestaria por un sistema de aportaciones voluntarias por parte de los fieles y de cualesquiera otros ciudadanos dispuestos a ayudar: la asignación tributaria.
Así, a partir de 1988, los contribuyentes pudieron consignar en su declaración de la renta si querían destinar el 0,52% de su impuesto al sostenimiento de la Iglesia católica o a otros fines de interés social. Los Acuerdos estipulaban que el sistema se revisaría a la vista de los resultados y que mientras tanto, durante tres años, el Estado añadiría, a cargo del presupuesto público, lo que faltara en lo recaudado por asignación tributaria hasta igualar la dotación antes vigente. Pero esta medida provisional se prolongó por la discrepancia entre ambas partes. La Iglesia alegaba que el 0,52% se había mostrado claramente insuficiente para compensar la supresión de la dotación presupuestaria.
Por fin, en 2006 se llegó a un acuerdo para revisar el sistema. La parte del impuesto que se puede destinar a la Iglesia o a otros fines de interés social se elevó al 0,7%. Se eliminó el complemento que el Estado venía dando del presupuesto. Y fue suprimida -por exigencias de la normativa fiscal de la Unión Europea- la exención del IVA de que hasta entonces gozaba la Iglesia. La declaración de la renta hecha este año (referida al ejercicio de 2007) ha sido la primera en que se ha aplicado la reforma de la asignación tributaria.