Desde el 15 de febrero están a disposición de los historiadores los documentos del pontificado de Pío XI relacionados con Alemania entre 1922 y 1939. La apertura anticipada de estos fondos fue decidida hace un año por Juan Pablo II ante la controversia sobre la actitud de Pío XII frente al nazismo y el genocidio judío. De este modo, quedan accesibles los documentos sobre toda la etapa en que Eugenio Pacelli fue nuncio en Alemania (1917-1929), hasta que Pío XI le nombró secretario de Estado.
Normalmente, los archivos de la Santa Sede se hacen accesibles pontificado por pontificado, después del imprescindible trabajo de clasificación e indexación de los documentos. El plazo habitualmente observado para la apertura es de setenta años.
Los archivos ahora abiertos comprenden los documentos de la Secretaría de Estado referidos a Alemania y de la Nunciatura apostólica en Múnich y luego en Berlín entre 1922 y 1939; de los archivos de la Congregación para la Doctrina de la Fe se ponen a disposición los documentos del mismo periodo (1922-1939) relativos al nacionalsocialismo y a la condena del racismo; al mismo tiempo se hacen públicos los dossiers relativos a los prisioneros de guerra (1939-1945), en este caso ya bajo el pontificado de Pío XII, que permitirán apreciar las gestiones de ayuda de la Santa Sede.
Según ha explicado el cardenal Jorge Mejía, encargado del Archivo vaticano, los fondos íntegros del pontificado de Pío XI no estarán disponibles hasta 2005, pues aún no se ha terminado la clasificación de los documentos.
Con el fin de clarificar la actuación de Pío XII durante la Segunda Guerra Mundial, Pablo VI autorizó en 1964 la publicación de los documentos de la diplomacia vaticana durante ese periodo. Se publicaron así durante quince años doce volúmenes titulados «Actas y documentos de la Santa Sede relativos a la Segunda Guerra Mundial». Los documentos muestran los continuos esfuerzos de Pío XII para oponerse a las deportaciones y persecuciones de los judíos, así como las razones de que no denunciara públicamente el Holocausto.
Los detractores de Pío XII han dado a entender que se habían dejado fuera documentos incómodos para la memoria de Pío XII, pero sin aportar pruebas de ello.
Durante el pontificado de Juan Pablo II, mientras mejoraban ostensiblemente las relaciones entre la Iglesia y el judaísmo, la polémica sobre Pío XII aumentaba con la publicación de libros a menudo agresivos, sin aportar nuevos documentos. El episodio más reciente es la película Amén, de Costa-Gavras, que replantea las acusaciones de El Vicario.
En 1998 se creó una comisión mixta de seis historiadores, tres católicos y tres judíos, para revisar los doce volúmenes de actas publicados y ver si había cuestiones que necesitaban clarificación. La comisión, que nació como un canal de diálogo, acabó en julio de 2001 en medio de polémicas (cfr. servicio 114/01). Por parte católica se dijo que los representantes hebreos se dedicaron a hacer filtraciones a la prensa sin esperar respuestas a las dudas que planteaban; los judíos alegaron que solo la apertura de los archivos podría disipar sus dudas. Juan Pablo II decidió entonces la apertura anticipada de los fondos de Pío XI relativos a Alemania, como ahora se ha hecho.
Después de que se termine la clasificación íntegra de los documentos de Pío XI, los especialistas del Archivo vaticano abordarán el pontificado de Pío XII y los años de la guerra, que son los que pueden proporcionar datos más concluyentes.